3-Preparation

• データをVBMEGフォーマットに変換する
  • GUIを用いた作成法
    • 脳モデルファイル( .brain.mat)の作成
    • 活動領域情報ファイル( .area.mat)、活動強度情報( .act.mat)の作成
    • MEGデータのインポート ( .meg.mat)
      • 島津SBIシステム
      • 横河MEGシステム
  • スクリプトによる作成法
  • パラメータの説明
    • 脳モデルファイル作成用パラメータ (used in job_brain)
      • Standard parameters
      • Advanced parameters
    • 活動領域・強度情報ファイル作成用パラメータ (used in job_fmri)
      • Standard parameters
      • Advanced parameters
    • MEGデータインポート用パラメータ(used in job_meg)
      • Standard parameters
      • Advanced parameters

データをVBMEGフォーマットに変換する _

ここでは2章で処理したファイル群を、VBMEGによる電流源推定用にMATLABに取り込む方法を 説明する。具体的には、

1. 　脳モデルファイル( .brain.mat )の作成
2. 　活動エリア情報ファイル( .area.mat)、活動強度情報( .act.mat)の作成
3. 　MEGデータのインポート ( .meg.mat)

について説明する。やり方は大きく分けて、

VBMEGで提供されているGUIを用いる方法
VBMEGで提供されているパラメータ設定ファイルを設定し、コマンドラインでスクリプトファイルを走らせる方法　

の2通り存在する。後者は主にアドバンスドなユーザー向けである。 ここで上記の処理順番は重要であるので、必ずこの順番の通り処理することが必要である。

GUIを用いた作成法 _

vbmegのパスが通ったディレクトリで、以下のように「project_mgr」とコマンドを入力する。


以下のようなＧＵＩが表示されることを確認する。


赤マルで囲まれた「project_root」に、作業ディレクトリもしくはデータ保存先を入力する。 「Select」ボタンで参照するか、直接手入力する。
緑マルで囲まれた「modules」メニューを押し、メニューの上から順に進めていく。

脳モデルファイル( .brain.mat)の作成 _

「modules - brain」 を押し、以下のＧＵＩが表示されたことを確認する。


赤マルで囲まれたファイル、ディレクトリを入力しなければ、プログラムは実行できない。

Analyze file(.hdr)

　MRIの構造画像

Left-brain file(.srf)

　BrainVoyagerで作成したTAL変換していない左脳のbrain file

Right-brain file(.srf)

　BrainVoyagerで作成したTAL変換していない右脳のbrain file

Left-inflate file(.srf)

　BrainVoyagerで作成したTAL変換した左脳のinflate file

Right-inflate file(.srf)

　BrainVoyagerで作成したTAL変換した右脳のinflate file

save directly

　データの保存先

BRAIN file(.brain.mat)

　脳モデルファイル

AREA file(.area.mat)

　活動エリア情報ファイル

ACT file(.act.mat)

　活動強度情報

「Parameter」ボタンでパラメータの設定ができるが、設定しなければデフォルト値でプログラムが実行される。
「Reset」ボタンを押せば、入力したディレクトリ名、ファイル名が消える。
「Exec BRAIN」でプログラムが実行する。
プログラムが終了したら、brainのＧＵＩを閉じてもよい。

活動領域情報ファイル( .area.mat)、活動強度情報( .act.mat)の作成 _

「modules - fmri」 を押し、以下のＧＵＩが表示されたことを確認する。


赤マルで囲まれたファイル、ディレクトリを入力しなければ、プログラムは実行できない。

BRAIN file(.brain.mat)

　先ほど作成した脳モデルファイル

SPM file(.mat)

　SPMで解析したResult情報のファイル

fMRI ID

　基本的に何をいれてもよい（例えば、実験タスクの条件名）

area ID

　基本的に何をいれてもよい（例えば、実験タスクの条件名）

AREA file(.area.mat)

　先ほど作成した活動エリア情報ファイルに上書きしたファイル

ACT file(.act.mat)

　先ほど作成した活動強度情報ファイルに上書きしたファイル

「Parameter」ボタンでパラメータの設定ができるが、設定しなければデフォルト値でプログラムが実行される。
「Exec fMRI」でプログラムが実行する。
プログラムが終了したら、fMRIのＧＵＩを閉じてもよい。

MEGデータのインポート ( .meg.mat) _

MEGデータのインポートは計測システムに依存するため、計測システムに応じたインポートの仕方が必要となる。

島津SBIシステム _

「modules - sbi_meg」 を押し、以下のＧＵＩが表示されたことを確認する。


赤マルで囲まれたファイル、ディレクトリを入力しなければ、プログラムは実行できない。

Analyze file(.hdr)

　MRIの構造画像

Sbi file(.meg)

　SBI形式のmegファイル

DICOM file(tbl)

　MRIの構造情報のDICOMファイル

Save directly

　データの保存先

megmat file

　mat形式のmegファイル

「Exec Meg」でプログラムが実行する。
プログラムが終了したら、sbi_megのＧＵＩを閉じてもよい。

横河MEGシステム _

Coming soon !!

スクリプトによる作成法 _

vbmeg/template/

内にある, set_***_parm.m (*** = {brain, fmri, meg})を自分のワーキングディレクトリにコピーして、その中で各フィールドの値を設定し、job_***.m をセットしたパラメータを引数として走らせれば良い。set_***_parm.mは、必ず自分のワーキングディレクトリにコピーすること。

Under Construction

パラメータの説明 _

脳モデルファイル作成用パラメータ (used in job_brain) _

下記のbrain_parmの各フィールドにパラメータを設定する.

Standard parameters _

Parameter name	Contents	Comment
BV_left_file	Brain Voyagerで作成した左半球皮質表面モデル (.srf)
BV_right_file	Brain Voyagerで作成した右半球皮質表面モデル　(.srf)
BV_left_infl_file	Brain Voyagerで作成したインフレート（膨らませた）左半球皮質表面モデル(.srf)	表示用なので逆Tarailach変換してもしなくてもよい
BV_right_infl_file	Brain Voyagerで作成したインフレート（膨らませた）左半球皮質表面モデル(.srf)	表示用なので逆Tarailach変換してもしなくてもよい
analyze_file	ANALYZEフォーマットの(T1?)MRI画像ファイル (.hdr)
brain_file	セーブされる脳モデルファイル名 (.brain.mat)	皺の脳モデル、インフレート脳モデルの情報を含む
act_file	セーブされる活動強度情報ファイル名 (.act.mat)	デフォルトで'Cortex'が登録される
area_file	セーブされる活動領域情報ファイル名 (.area.mat)	デフォルトで'Cortex'が登録される

Advanced parameters _

Parameter name	Contents	Comment
reduce_ratio	Reduce ratio for vertex of BV model to VBMEG brain model	[1 0)
N_step	Division number for z-axis to find match vertices
R_max	Maximum radius for neighbour search
display	Specify information to be displayed while processing	ON/OFF

活動領域・強度情報ファイル作成用パラメータ (used in job_fmri) _

All the parameters following are fields of the structure fmri_parm.

Standard parameters _

Parameter name	Contents	Comment
brain_file	VBMEG brain model is saved to this file (.brain.mat)
act_file	VBMEG activiti map file is created with this name (.act.mat)
area_file	VBMEG area file is created with this name (.area.mat)
spm_file	SPM activity is included in this file (.act.mat)
fmri_id	ID of activity map to be created
area_id	ID of area data to be created

Advanced parameters _

Parameter name	Contents	Comment
SPM_radius	SPM incorporation radius from cortex sheet	real value in meter
SPM_zstep	Division number for z-axis to find match vertices
Gauss_radius	Smoothing radius for fMRI activity	real value in meter
Gauss_max	???
Gauss_step	???

MEGデータインポート用パラメータ(used in job_meg) _

These parameters depends on the MEG system. At present, VBMEG supports SBI-MEG only. All the parameters following are fields of the structure meg_parm.

Standard parameters _

Parameter name	Contents	Comment
device	MEG/EEG device name
sbi_file	SBI-MEG filename (.meg)	SBI dependent
dicom_dir	Directory of DICOM MRI file for SBI data	SBI dependent
dicom_file	Filename of DICOM MRI file for SBI data	SBI dependent
analyze_file	MRI file in ANALYZE format
meg_file	Converted MEG data is saved as this file.

Advanced parameters _

Parameter name	Contents	Comment
Pos_chk	If 0, sensor position will not be converted to the right-handed ANALYZE coordinate. This option may be useful if you want to get MEG data without subject.	SBI dependent(?), default value is 1
trials	Set of trial numbers to obtain.