1. Introduction
・ 改変及び配布
このソフトウエアはGNU
General Public
Licenseに準拠します。使用のための料金は不要です。またプログラムの修正、改変は個人の責任の元で自由におこなって頂いて結構です。このプログラムで作成した図表を発表される際には、このプログラム
(multi_color) を利用したことと、webサイトのURL(http:
//www.cns.atr.jp/multi_color/) の告知をしてください。
・ 免責
プログラムには万全を期してはいますが、その安全性を保証するものではありません。このプログラムを使用したことによって発生した障害や損害に関して、直
接的・間接的あるいは損害の程度によらず、作者は賠償/保障に関する一切の責任を負いません。運用に関しては各自の責任において行って下さい。またこのプ
ログラムに不備があっても、作者はそれに対する回答やプログラムを訂正する義務を負いかねます。
・ 動作環境
このプログラムはMATLAB R13 (Version 6.5)以上のMATLAB環境が必要です。
<< MATLAB R14 Service Pack 2 (Version 7.0.4)以上を推奨 >>
作者はCentOS(linux kernel:2.6.9-34.0.2.ELsmp)で, MATLAB R2006a(V
7.2.0)の環境下で開発/動作確認をしています。
・ プログラム概要
このプログラムは、イメージングデータの解析で得られた複数のContrastデータ(検定マップ)を、1つのStructure画像(脳構造画像)上に
重ね描きするために開発したMATLABプログラムです。また複雑に重なり合うContrastデータを三次元表示することもできます。
予め用意するもの
- Contrastデータファイル
- Structure画像ファイル
- ROI(脳構造物画像)ファイル (OPTION)
[注意]
ContrastデータファイルとStructure画像ファイル、ROIファイルには、ANALIZE
7.5形式とNIFTI1
型式の他、MATLAB形式(*1)とテキスト形式(*2)を指定することができます。
Structure画像ファイルは、Contrastデータファイルよりも解像度が大きい(Voxel
sizeが小さい)ものを用意してください。特にStructure画像ファイルはContrastデータファイルに対して整数倍の解像度を推奨します。
(*1)
MATLAB形式(.mat)のデータファイルには、reference_file変数とvoxmat変数を保存します。reference_file変
数には、ANALIZE
7.5形式またはNIFTI1
型式のファイル名を設定します。reference_file変数で指定した参照ファイルからVoxel sizeやDim
size等のヘッダ情報を読み込みます。一方、voxmat変数はN行4列の2次元配列で、1列目から3列目にはVoxel座標系でのX,Y,Z座標を、
4列目にデータ値を設定します。MATLAB形式のデータファイルでは、voxmat変数で指定した座標以外はNaN(Not-a-Number)として
扱います。
>> data =
load('voxmatrix_new.mat')
data =
reference_file: 'con_0000.img'
voxmat: [129x4 double]
>> data.voxmat(1:10,:)
ans =
33.0000 38.0000
2.0000 2.5600
34.0000 37.0000
12.0000 2.5800
34.0000 38.0000
12.0000 2.6300
35.0000 32.0000
13.0000 2.5900
38.0000 35.0000
12.0000 2.6100
39.0000 31.0000
12.0000 2.3200
42.0000 31.0000
10.0000 2.3000
45.0000 27.0000
8.0000 2.0000
45.0000 31.0000
9.0000 2.0012
45.0000 31.0000
8.0000 2.1333
(*2)
テキスト形式(.txt)のデータファイルには、reference_file行にヘッダ情報を参照するANALIZE
7.5形式またはNIFTI1
型式のファイル名を設定します。また、voxel_num行にはデータの数を指定し、vox_val行にデータを設定します。テキスト形式のデー
タファイルでは、vox_val行で指定した座標以外はNaN(Not-a-Number)として扱います。
>> cat voxmatrix_new.txt
# reference_file = name of a reference data file.
# voxel_num = number of vox_val data.
# vox_val(X,Y,Z) = Value
reference_file = con_0000.img
voxel_num = 129
vox_val(33,38,2) = 2.560000
vox_val(34,37,12) = 2.580000
vox_val(34,38,12) = 2.630000
vox_val(35,32,13) = 2.590000
vox_val(38,35,12) = 2.610000
vox_val(39,31,12) = 2.320000
vox_val(42,31,10) = 2.300000
vox_val(45,27,8) = 1.999998
vox_val(45,31,9) = 2.001221
vox_val(45,31,8) = 2.133333
vox_val(45,32,7) = 2.002345
vox_val(46,32,8) = 2.000000
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:
('#'で始まる行はコメント行とします。)
