'Select files' panel

3. 'Select files' panel

'Select files' panelではContrastデータファイル(*1)やStructure画像ファイル等の画像ファイルを選択します。各ファイルの 'Select' buttonをマウスクリック(以下クリック)すると表われる 'Select file' windowで、目的の画像ファイルを選択してください。必要なファイルを全て選択した後で、'Load' buttonをクリックしてください。選択した全ての画像ファイルからデータを読み込みます。'Cancel' buttonをクリックすれば、ファイルの選択を全て解除します。また、ここで脳構造物の3次元形状を記述したROIファイル(*2)を選択することができます。ROIファイルは脳構造物内に1,脳構造物外に0を設定したファイルで、 MRIcroで容易に作成することができます。

[注意]
ContrastデータファイルとStructure画像ファイル、ROIファイルには、ANALIZE 7.5形式とNIFTI1 型式の他、MATLAB形式(*3)とテキスト形式(*4)を指定することができます。 Structure画像ファイルは、Contrastデータファイルよりも解像度が大きい(Voxel sizeが小さい)ものを用意してください。特にStructure画像ファイルはContrastデータファイルに対して整数倍の解像度を推奨します。

(*1)
Contrastデータファイルは最大64個まで指定することができます。'Select files' panelでは、Contrastデータファイル名は同時に3種類分しか表示できませんが、 'Select files' panelの上部左右の 'UP' buttonと 'DOWN' buttonをクリックすれば、表示対象のContrastデータファイル名を上/下scrollします。

(*2)
ROIファイルは最大64個まで指定することができます。ROIファイル番号を表示しているpopup menuは、選択しているROIファイルの数+1個まで選択することができます。このpopup menuでROIファイル番号を選択後、ROIファイル名を設定してください。

(*3)
MATLAB形式(.mat)のデータファイルには、reference_file変数とvoxmat変数を保存します。reference_file変数には、ANALIZE 7.5形式またはNIFTI1 型式のファイル名を設定します。reference_file変数で指定した参照ファイルからVoxel sizeやDim size等のヘッダ情報を読み込みます。一方、voxmat変数はN行4列の2次元配列で、1列目から3列目にはVoxel座標系でのX,Y,Z座標を、 4列目にデータ値を設定します。MATLAB形式のデータファイルでは、voxmat変数で指定した座標以外はNaN(Not-a-Number)として扱います。

>> data = load('voxmatrix_new.mat')
data =
    reference_file: 'con_0000.img'
            voxmat: [129x4 double]
>> data.voxmat(1:10,:)
ans =
   33.0000   38.0000    2.0000    2.5600
   34.0000   37.0000   12.0000    2.5800
   34.0000   38.0000   12.0000    2.6300
   35.0000   32.0000   13.0000    2.5900
   38.0000   35.0000   12.0000    2.6100
   39.0000   31.0000   12.0000    2.3200
   42.0000   31.0000   10.0000    2.3000
   45.0000   27.0000    8.0000    2.0000
   45.0000   31.0000    9.0000    2.0012
   45.0000   31.0000    8.0000    2.1333

(*4)
テキスト形式(.txt)のデータファイルには、reference_file行にヘッダ情報を参照するANALIZE 7.5形式またはNIFTI1 型式のファイル名を設定します。また、voxel_num行にはデータの数を指定し、vox_val行にデータを設定します。テキスト形式のデータファイルでは、vox_val行で指定した座標以外はNaN(Not-a-Number)として扱います。

>> cat voxmatrix_new.txt
# reference_file = name of a reference data file.
# voxel_num = number of vox_val data.
# vox_val(X,Y,Z) = Value
reference_file = con_0000.img
voxel_num = 129
vox_val(33,38,2) = 2.560000
vox_val(34,37,12) = 2.580000
vox_val(34,38,12) = 2.630000
vox_val(35,32,13) = 2.590000
vox_val(38,35,12) = 2.610000
vox_val(39,31,12) = 2.320000
vox_val(42,31,10) = 2.300000
vox_val(45,27,8) = 1.999998
vox_val(45,31,9) = 2.001221
vox_val(45,31,8) = 2.133333
vox_val(45,32,7) = 2.002345
vox_val(46,32,8) = 2.000000
:
:
:

('#'で始まる行はコメント行とします。)

3.1. 'Select file' window

'Select file' windowは、次の2種類の選択モードのどちらかで起動されます。

(a) Load file選択モード

データを読み込むfileを選択するためのモードです。このモードでは既に存在するfileを選択します。

(b) Save file選択モード

既に存在するfileのデータを変更するか、新規にfileを作成しデータを保存するモードです。このモードではfileのデータを変更するために既に存在するfileを選択するか、新規に作成するfileの名前を指定します。