脳・行動データ共有のためのツール


このページでは、脳(神経)データや行動データを共有するために有用なツールを提供します。このツールはhttp://brainliner.jp/からのNeuroshareデータを読めます。

はじめに

現在、世界中で、脳情報を用いた様々な実験・研究が行われています。しかし、多くの場合、それらのデータフォーマットに統一性は無く、そのようなデータはもちろん、そのようなデータに特化した解析プログラムを研究者間で共有することは非常に困難です。しかし、データや解析プログラムの共有は研究促進につながると考え、本研究室では、様々な脳(神経)・行動データを統一的に扱えるデータフォーマットを定め、データ共有のための環境整備を始めました。その成果を、広く利用していただくために、このページにて公開いたします。

統一データフォーマット

脳(神経)・行動データのための統一データフォーマットには、様々なデータに対応可能な汎用性が求められます。そのような統一データフォーマットとして“Neuroshare”を採用しました。

Neuroshareとは?

Neuroshareとは、神経生理学実験データの共通仕様を定義するプロジェクト(http://neuroshare.sourceforge.net/index.shtml)により制定されたデータフォーマットです。ファイルをヘッダとデータとに分け、タグを用いてヘッダを記述することにより、汎用性の非常に高いデータフォーマットとなっております。

なぜNeuroshare?

Neuroshareは、汎用性の非常に高いデータフォーマットですので、広い範囲の神経生理学実験データに対応可能です。また、Neuroshareフォーマットのデータが利用可能なソフトウェアの開発・公開も行われていますので、利便性・認知度ともに高いと考えられます。

ここで公開するプログラムは?

Neuroshareは広い範囲の神経生理学実験データに対応可能ですが、プロジェクトにより作成・公開されているライブラリは限られた計測機器メーカのデータ形式にしか対応していないため、それ以外の計測機器メーカのデータ形式や、研究者オリジナルのデータ形式で保存されているデータは、Neuroshareに変換することができません。そこで、様々な形式のデータをNeuroshareへ変換可能にするために、変換ライブラリの作成を行いました。また、そのライブラリを用いた、変換を容易に行えるコンバータを整備中です。今後、Neuroshareファイルを扱う様々なプログラムを作成・公開予定です。

更新履歴

2013.03.22 ns_Converter 更新
2012.06.28 ns_Reader 更新
2012.05.10 ns_Reader 更新
2012.04.04 ns_CreateFile 更新,ns_Converter 更新
2011.12.14 ns_Reader 更新,ns_Reader解説資料 公開
2011.08.24  ns_Converter 更新
2011.05.30  ns_CreateFile 更新
2011.05.17 ns_Converter, ns_Converter解説資料 更新
2011.04.27 ns_Converter 更新,ns_Converter解説資料 公開
2011.04.01  ns_Converter, ns_Reader 更新
2011.03.10  ns_Converter, ns_Reader 更新
2011.03.07  ns_CreateFile 更新
2010.11.22  ns_Reader 公開開始
2010.10.05  ns_CreateFile 更新
2010.04.21  ns_Converter, read_neuroshare_matlab 更新
2010.04.14  ns_Converter 更新
2010.03.04  ns_Converter 更新
2010.01.25  read_neuroshare_matlab 更新
2010.01.13  ns_Converter 更新
2009.12.25  ns_Converter,read_neuroshare_matlab 更新
2009.11.25  公開

ダウンロード

  • Neuroshare変換ライブラリ

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  • ライブラリを利用したコンバータ

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  • 作成したNeuroshareファイルを読むためのMATLAB関数

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ドキュメント

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著作権および免責事項

本ソフトウェアはGPLに準拠しています。そのため、本ソフトウェアの複製物を所持している者に、

以下のことが許可されています。

  1. プログラムの実行
  2. プログラムの動作を調べ、それを改変すること
  3. プログラムを改良し、改良を公衆にリリースする権利
  4. 複製物の再頒布

なお、GPLはコピーレフトのため、GPLでライセンスされた著作物の派生的著作物に関してもGPLでライセンスされなければなりません(本ソフトウェアに限れば、改変済みのソースコードを再頒布する際に、全てのソースコードが改変可能な状態で再頒布されることに該当します)。

コピーレフトの詳細は、http://www.gnu.org/copyleft/ を参照ください。

謝辞

本研究開発は、文科省脳科学研究戦略推進プログラム(http://brainprogram.mext.go.jp/)の支援により実施したものです。
また、Neuroshare変換ライブラリの作成において、文部科学省特定領域研究「統合脳」研究リソース「マルチニューロンデータ解析支援環境の整備」プロジェクトグループ(http://www2.bpe.es.osaka-u.ac.jp/multineuron/multineuron_resource/index.html)には、多大なご協力を賜りました。